یش از یکصد آیه از قرآن کریم به مصلح کل حضرت بقیه الله ارواحنا فداه تفسیر و تاویل شده است، که علامه بزرگوار، ملا محمد باقر مجلسی در دائره المعارف بزرگ شیعه بحارالانوار ۷۰ آیه را به استناد احادیث وارده از اهل بیت عصمت و طهارت علیهم السلام در پیرامون ظهور یکتا بازمانده از حجت های حضرت حدیث نقل کرده است. و برخی از بزرگان کتاب هایی را در این رابطه به رشته تحریر در آورده اند که از آن جمله است:  ۱) المحجه فیما نزل فی القائم الحجه (علیه السلام ) شامل ۱۲۰ آیه از آیات تفسیر شده به ظهور حضرت مهدی ارواحنا فداه به استناد احادیث وارده از معصومین علیهم السلام. 
۲) المهدی فی القرآن شامل ۱۱۰ آیه از آیات تاویل شده به ظهور حضرت مهدی علیه السلام به استناد احادیث وارده از طریق شیعه و سنی. 
۳) موعود قرآن ترجمه فارسی المهدی فی القرآن 
۴) سیمای امام زمان (علیه السلام ) در آینه قرآن شامل بیش از ۱۴۰ آیه از آیات قرآن کریم که روایات فریقین (شیعه و سنی) به ظهور قبله موعود و کعبه مقصود تفسیر شده است. در ایو ما نجا به نقل چند آیه در این رابطه بسنده می کنیم:
۱) و نرید ان نمن علی الذین استضعفوا فی الارض و نجعلهم ائمه و نجعلهم الوارثین. و ما اراده کرده ایم به آنانکه در روی زمین به ضعف کشیده شده اند منت نهاده، آنها را پیشوایان وارثان زمین قرار دهیم. طبق روایات بی شماری این آیه در حق مصلح جهان حضرت بقیه الله ارواح العالمین له الفداه نازل شده که در آخرالزمان قیام کرده، بساط ننگین ظلم و بیدادگری را درهم ۶خواهد پیچید و پرچم عدالت را در سرتاسر جهان به اهتزاز در خواهد آورد. و به تکتازی فرعونیان خاتمه خواهد داد.
۲) بقیه الله خیر لکم ان کنتم مومنین. یعنی: بازمانده خدا بهتر است برای شما، اگر مومن باشید. مطابق روایات فراوانی، هنگامی که حضرت بقیه الله ارواحنا فداه ظهور می کند پشت خود را به دیوار کعبه تکیه داده، نخستین چیزی که به زبان می آورد، این آیه شریفه است، آنگاه همه آنها که درآنجاگرد آمده اند با عنوان السلام علیک یا بقیه الله به پیشگاه آن حضرت عرض ادب می کنند.
۳) هوالله ارسل رسوله بالهدی و دین الحق لیظهر علی الدین کله و لو کره المشرکون. یعنی: او خدائی است که پیامبرش را با هدایت و دین حق برانگیخت تا آن را بر همه ادیان پیروز بگرداند. اگر چه مشرکان نخواهند. پیشوای ششم شیعیان در تفسیر این آیه فرمود: مهدی ما ظهور می کند و دین مقدس اسلام را بر همه ادیان پیروز می گرداند، اگر چه دشمنان راضی نباشند. که منظور از این پیروزی، سیطره نظامی و پیروزی ظاهری است و گرنه از نظر دلیل و برهان، اسلام در هر زمانی بر همه ادیان غلبه داشت. و مکتبهائی که ریشه آسمانی دارد ( چه مسیحیت و کلیمیت ) چون از یک سو تحریف شده، و از سوی دیگر به هنگام تشریع از طرف خداوند متعال به عنوان برنامه موقت تشریع شده بود، پاسخگوی نیازمندیهای قرون بعدی نبودند، از این رهگذر از نخستین روز ظهور اسلام، دلیل و منطق اسلام بر همه ادیان پیروز بود ۰ولی غلبه ظاهری آن با هنگام ظهور آن یکتا بازمانده از حجتهای پروردگار تحقق خواهد یافت. 
۴) اعلمو ان الله یحیی الارض بعد موتها قد بینا لکم الایات لعلکم تعقلون. یعنی: بدانید که خدا زمین را پس از مرگ آن زنده می سازد به راستی نشانه های -قدرت -خدا را برای شما بیان کردیم. باشد که عقل خود را بکار بندید. پیشوای پنجم شیعیان می فرماید: مهدی ما قیام می کند و به وسیله گسترش عدالت در سراسر گیتی، جهان را زنده می کند، پس از آنکه در زیر کابوس ظلم و ستم مرده باشد. پیشوای هفتم حضرت موسی بن جعفر علیه السلام نیز در تفسیر این آیه فرمود خداوند زمین را به وسیله عدل و داد زنده می کند، نه بارش باران. آری اگر جامعه ای در زیر فشار ظلم و ستم باشد جامعه مرده است و تنها موقعی زنده می شود که ظلم و ستم از آن جامعه رخت بربندد و نعمت عدالت در آن جامعه گسترش یابد. از اینجاست که امیرالمومنان علی علیه السلام عدالت را زیربنای زندگی مردم دانسته می فرماید: العدل قوام الرعیه. 
۵) و اشرقت الارض بنور ربها. یعنی: زمین به نور پروردگارش منور گردید. 
امام رضا علیه السلام در تاویل این آیه می فرماید: او چهارمین فرزند من، پسر بهترین کنیزان است که زمین را از هر جور و ستمی پاکیزه می کند. مردم در ولادت او دچار تردید می شوند. او را غیبتی طولانی است چون ظاهر شود زمین را با نور پروردگارش روشن می گردد.
۶) قل ارایتم ان اصبح ماوکم غورا فمن یاتیکم بماء معین. یعنی: بگو اگر ببینید که آب شما فروکش می کند، چه کسی برای شما آب گوارا باز آورد. همه موجودات زنده از آب آفریده شده و قوام آنها با آب است ولی منظور از آب گوارائی که در آیه فوق مطرح شده، مقام ولایت کبرای حضرت صاحب الزمان ارواحنا فداه است که پس از دوران فروکش (غیبت) یکبار دیگر به فرمان خدا ظاهر شده، تشنگان دانش و فضیلت، و شیفتگان تقوی و عدالت را، از آبشخور اقیانوس بیکران آب حیات و معادن حکمت، سیراب فرموده، به سعادت دنیا و آخرت نائل می گرداند. به دلیل نقش حیاتی حضور امام علیه السلام در زندگی توده ها، قرآن کریم وجود اقدس امام علیه السلام را آب گوارا تعبیر نموده است.
علی بن جعفر از برادر بزگوارش امام موسی بن جعفر علیه السلام، از تفسیر این آیه می پرسد، امام علیه السلام می فرماید: هنگامی که امامتان از دیدگان شما ناپدید شود و !نتوانید او را ببینید چه خواهید کرد. پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله خطاب به عمار می فرماید: ای عمار خداوند با من عهد کرده که از تبار حسین علیه السلام ۹ امام پدید می آید که نهمین آنها از دیدگان ناپدید می شود و این است معنای آیه شریفه قل ارایتم ان اصبح ماوکم غورا ، برای او یک غیبت طولانی است که گروهی از عقیده خود برمی گردند و گروهی بر آن ثابت می مانند و چون آخرالزمان فرا برسد، او ظاهر می شود و دنیا را پر از عدل و داد کند. چنانکه از جور و ستم پرشده است.
۷) هدی للمتقین الذین یومنون بالغیب. یعنی: هدایت است برای پرهیزکاران که به غیب ایمان آوردند. 
طبق احادیث فراوانی منظور از غیب در این آیه امام غائب علیه السلام است: امام صادق علیه السلام در تفسیر این آیه می فرماید: پرهیزگاران شیعیان علی بن ابی طالب علیه السلام هستند و اما غیب پس آن حجت غائب است. جابربن عبدالله انصاری در ضمن یک روایت طولانی که از ۱۲ پیشوای معصوم و قائم آنها بحث کرده، از رسول اکرم صلی الله علیه و آله نقل می کند که فرمود: خوشا به حال آنانکه در زمان غیبت او شکیبائی پیشه کنند و بر محبت آنها استوار بمانند، که آنها را خداوند متعال در آیه الذین یومنون بالغیب ستوده است.
۸) و لقد کتبنا فی الزبور من بعد الذکر ان الارض یرثها عبادی الصالحون. یعنی: گذشته از ذکر- تورات -در زبور نیز نوشتیم که به راستی زمین را بندگان شایسته ام به ارث می برند. از امام باقر و امام صادق علیهما السلام روایت شده که منظور از بندگان صالح در آیه شریفه، حضرت قائم ( ارواحنا فداه ) و یاران او می باشد جالب توجه اینکه متن این بشارت در زبور فعلی موجود است. طبق وعده قطعی خدا در همه کتاب های آسمانی، روزی بندگان صالح خدا وارث زمین خواهند شد، و پرچم توحید را در سراسر کره خاکی به اهتزاز در خواهند آورد. دیگر از ظلم و ستم و تبعیض و تجاوز و حق کشی نشانی نخواهد بود. روح صفا و صمیمیت و برادری و برابری بر تمام دلها حکومت خواهد کرد. به امید آن روز. 
۹) وله اسلم من فی السموات و من فی الارض طوعا و کرها . ۲۴یعنی: هرکه در آسمانها و زمین است خواه و ناخواه -تسلیم او شده -بر او اسلام آورده اند. امام صادق علیه السلام در تفسیر این آیه فرمود: هنگامی که قائم (علیه السلام ) قیام کند، نقطه ای در روی زمین نمی ماند جز اینکه به یکتائی خدا و رسالت حضرت پیامبر( صلی الله علیه و آله ) گواهی می دهند.
ابن بکیر می گوید: از ابوالحسن (علیه السلام) در مورد آیه وله اسلم پرسیدم، فرمود: در حق قائم (علیه السلام ) نازل شده است، هنگامیکه ظاهر شود اسلام را بر یهود، نصاری، صابئین، ملحدین، مرتدین، و کافرین شرق و غرب، عرضه می کند هر کس( پس از شناخت حقانیت اسلام ) از روی رغبت اسلام آورد، او را به نماز و زکات و دیگر وظائف اسلامی امر می فرماید. و هر کس نپذیرد گردن می زند تا در شرق و غرب جهان احدی جز موحد باقی نباشد. 
۱۰) وعدالله الذین امنوا منکم و عملوا الصالحات لیستخلفنهم فی الارض، کما استخلف الذین من قبلهم و لیمکنن لهم دینهم الذی ارتضی لهم و لیبدلنهم من بعد خوفهم امنا. یعنی: خداوند آنها را که از شما ایمان آورده، و عمل شایسته انجام داده اند، وعده داده است که در روی زمین جانشین سازد، چنانکه پیشینیان را جانشین ساخت. و آنان را از دینی که برای آنها پسندیده، متمکن سازد. و آنها را پس از خوف و وحشت به امنیت برگرداند. امام صادق علیه السلام در تفسیر آیه فوق فرمود: درباره قائم (علیه السلام) و یاران او نازل شده است. امام زین العابدین علیه السلام آیه شریفه را تلاوت کرده فرمود: به خدا سوگند مقصود از آنها شیعیان ما اهل بیت است. خداوند آنها را به دست مردی از ما که مهدی این امت است جانشین قرار می دهد و متمکن می سازد و به امنیت می رساند.
نظیر این روایت از امام باقر و امام صادق (ع) نیز نقل شده است.