شهید آیت‌الله قدوسی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی از مبارزین فعال به شمار می‌رفت. ایشان بعد از پیروزی انقلاب هم در صحنه اجرایی و مبارزاتی حضوری فعال داشت. چند ماه پس از وقوع انقلاب، دادگاه‌های کشور با بی‌نظمی و مشکلات زیادی درگیر بودند. پس از مدتی برای ختم غائله بی‌نظمی دادگاه‌ها، طی حکمی از سوی امام خمینی(ره) شهید قدوسی به سمت دادستانی کل کشور منصوب شد.

از اصلی‌ترین فعالیت‌های شهید پس از انتصاب به سمت دادستانی کل کشور، مبارزه با گروهک‌های مسلح منافقین و ضدانقلاب بود. او به همراه افرادی چون شهید آیت‌الله دکتر بهشتی و شهید لاجوردی توانست اقدامات موثری در سرکوبی جریانات ایجاد شده از سوی منافقین و ضدانقلاب انجام دهد. از جمله اقدامات شهید قدوسی در سرکوب منافقین و ضدانقلاب انتشار اطلاعیه‌ای در 19فروردین1360 بود. این اطلاعیه شامل ۱۰ماده‌ بود که با امضای شخص آیت‌الله قدوسی منتشر گردید. بر اساس مفاد این اطلاعیه، انتشار روزنامه بدون مجوز وزارت ارشاد، انجام متینگ‌های غیر قانونی و بدون مجوز وزارت کشور، مسلح بودن احزاب و گروه‌های مسلح غیر رسمی و… ممنوع اعلام شد. از مفاد دیگر این اطلاعیه تسلیم اسلحه‌های بدون مجوز در دست گروهک‌های ضد انقلاب و منافقین به دولت بود. بعد از این اطلاعیه، مقاومت سازمان منافقین در تحویل سلاح باعث شد به مرور نقاب از چهره آنان فرو افتد. سرانجام در ۱۴خرداد۱۳۶۰ پس از آخرین اخطار شهید قدوسی به منافقین مبنی بر تحویل سلاح‌ به دولت و ممانعت آن‌ها، اقدام نظامی برای خلع سلاح منافقین صورت گرفت. طی این اقدام گروهک منافقین تصمیم به جنگ مسلحانه گرفتند. پس از این جریان اقدامات شهید قدوسی برای شناسایی و دستگیری عوامل نفوذی منافقین در ارگان‌های دولتی باری دیگر خشم منافقین را برانگیخت.

سرانجام پس از رسیدگی شهید به پرونده جنازه‌سازی برای مسعود کشمیری در جریان انفجار دفتر نخست‌وزیری توسط منافقین و برخورد با محمد فخارزاده‌کرمانی، از اعضای نفوذی این گروهک، دستور انفجار دفتر دادستانی و به شهادت رساندن آیت‌الله قدوسی از سوی منافقین صادر شد. در این عملیات محمد فخارزاده با کار گذاشتن بمبی در سقف کاذب کتابخانه‌ای‌ که در زیر اتاق دادستانی واقع شده بود، در ۱۴شهریور۱۳۶۰ آیت‌الله قدوسی را به شهادت رساند. پیکر شهید آیت‌الله قدوسی پس از تشییع در صحن مطهر حرم حضرت معصومه(سلام‌الله‌علیها) در قم به خاک سپرده شد.

بازخوانی واقعه شهادت شهید قدوسی از زبان فزرند ایشان محمدحسین قدوسی

دفتر کار پدرم در طبقه دوم ساختمان دادستانی قرار داشت و طبقه زیرین اتاق ایشان، کتابخانه‌ای با سقف کاذب بود. کارمندی به نام فخار که مسئول دبیرخانه دادستانی کل انقلاب و از نفوذی‌های سازمان منافقین بود، بمبی را در سقف کتابخانه، واقع در زیر اتاق پدرم کار گذاشت و ۱۵دقیقه قبل از انفجار، محل را ترک کرد. در ساعت هشت‌و‌چهل‌ دقیقه صبح روز‌ ۱۴شهریور۱۳۶۰، بمب منفجر شد. موج انفجار، پدرم را از طبقه دوم به حیاط پشت دادستانی پرتاب کرد. ایشان دچار ضربه‌ مغزی هم شد. آن زمان من در سپاه مشغول فعالیت بودم که شنیدم دفتر دادستانی منفجر شده است. سریعا راه افتادم و وقتی به آن‌جا رسیدم، فهمیدم ایشان را به بیمارستان ارتش در خیابان ولی عصر(عج) منتقل کرده‌اند. وقتی بالای سرش رسیدم، بی‌هوش بود. بعد هم ایشان را به بیمارستان شریعتی منتقل کردند و همان جا پدرم به شهادت رسید.